Fu già Strabone nel I secolo avanti Cristo a documentarci la presenza dei branchi di tonni nel Tirreno e nei mari vicini all'Elba. Sua è la citazione del thynnoskopeon di Baratti, un punto di osservazione, posto lungo le scogliere poco lontano dalla città etrusca di Populonia, al di là dell'odierno canale di Piombino, postazione che doveva servire a controllare il passaggio dei grandi pesci per effettuarne la cattura con un'antica tonnara. Anche se all'Isola d'Elba l'attività di pesca sarebbe iniziata nella seconda metà del XVI secolo durante il regno di Francesco I dei Medici, granduca di Toscana, fu però il suo successore Ferdinando I a far sviluppare all'isola la pesca del tonno facendo venire dalla Sicilia esperti pescatori trapanesi per importarne le tecniche.

Constatato un regolare passaggio dei branchi di tonni si trattava di allestire delle strutture, mobili a mare e fisse a terra, per la cattura dei grandi sgombridi. Dopo i primi tentativi a Capo Bianco, si pescò con successo nel golfo di Portoferraio per quasi due secoli, con le strutture a terra allestite presso la città medicea. Nel 1655 si iniziò anche a pescare più ad ovest, nell'ampio golfo di Procchio, e così una seconda tonnara, munita di relativo marfaraggio, la stabile componente terrestre necessaria alle attività di pesca, fu collocata presso la piccola spiaggia del Bagno di Marciana. Qui furono allestite le strutture dell'Arsenale, dove venivano effettuate la lavorazione dei tonni e le attività per la conservazione del pesce, i magazzini, per far sgocciolare il pescato e per il rimessaggio dei materiali della tonnara e ancora un altro edificio adibito ad abitazione del capopesca, il cosiddetto Rais e di altri pescatori.

Sul finire del XVIII secolo fu deciso di spostare l'attività di pesca dal Golfo di Portoferraio all'Enfola sul lato settentrionale del Golfo di Procchio, con il completamento nel 1810 del suo marfaraggio, attuale sede del Parco Nazionale. La pesca delle tonnare che si fronteggiavano affacciandosi tutte e due sull'ampia insenatura ai piedi del versante settentrionale del Monte Capanne, si è protratta, anche se con momenti di alterna fortuna, fino alla metà del XX secolo. Al Bagno di Marciana l'ultima mattanza, seppur assai fruttuosa, fu effettuata nel 1954. All'Enfola la tradizione si è interrotta nel 1958 quando una forte mareggiata trascinò via la rete danneggiandola.